活性碳的效率需视很多的因素而定，水族箱的设缸时间越短，活性炭更换次数就需越频繁（约一个月一次），设缸时间越久的水族箱，活性炭在水族箱中的有效时间就越久（约四个月以上）。

活性炭最好是放在网袋中然后再将它系紧固定。装满活性炭的袋子可以放在外部的过滤器中，或放在滴流式过滤器的水槽中。必要时，可以强迫全部的水流通过活性炭，但在某种情况下这会增加过滤器运转的阻力并减低其效用。然而因为活性炭的作用非常的慢，所以建议采用部分的水流通过活性炭过滤器即可，这样不会影响到过滤器的抵抗性。这个方法的好处在于好氧性与厌氧性细菌可以同时生长在过滤器中，好氧性细菌可行氧化分解作用，而厌氧性细菌会在活性炭的无氧地带，将硝酸盐分解成氮气。因此活性炭过滤材料会随着时间，由化学的过滤性质转变为生物的过滤性质。

此外，活性炭过滤材料在水族箱中还有另一种作用。即在使用臭氧机时，必须先将含有臭氧的水流，经过活性炭过滤一遍，以确定过滤过的水没有任何臭氧存在。