蛋白機的放置方式有很大的學問, 首先蛋白機所吸到的水應該是魚缸表面的水, 因為蛋白質會凝結在水面, 所以最好的方法是用溢流盒(overflow box)的水直接餵到蛋白機, 但是在沒辦法的時後, 最好把蛋白機放在過濾缸水位最低的隔層 並把餵水幫浦儘量置於表面. 過濾缸過大也會造成蛋白質過於分散使蛋白機沒效率另一方法則是把溢流盒(overflow box)的水導入僅可以放置蛋白機或蛋白機馬達大小的容器, 然後讓水滿後流回過濾缸, 這樣可以確保容器中的蛋白機或馬達導入蛋白質豐富的水, 可以影響蛋白機功率很大. 魚缸表面不可以凝聚一層像油質的蛋白質, 如果有就表示循環馬達功率不足也可另置打水馬達將水面的油脂吹向溢流盒.

   市面上知名高檔品牌及設計原理可分逆流式(Counter Current), venturi式, venture + 真葉馬達, beckett氣閥及Aqua-C的spray injector. 更高檔的蛋白機設計採用內循環馬打, 也就是主馬達抽取蛋白機內的水. 低擋的產品則以氣泡石加幫浦打氣為主.

   Air stone (氣泡石)式: 這是市面上最低檔但也是最便宜的一種蛋白機, 因為幫浦所打出來的氣壓一般都不大, 只能推動很小的水量, 而且很難調整, 除非是很小的魚缸並且飼養很少的生物, 這種蛋白機可說一點用也沒有.

   Venturi式則是一般較經濟型的蛋白機, 但是功率比Air stone (氣泡石)式的可說好不少, 一般有一隻出水管可以調整水位. 要注意選夠容易拆洗, 並且有大型的污水儲存槽. 此種設計功率平平, 多數以中小型缸, 飼養魚或較耐的軟體試用. 較大型的魚缸及水質要求高的軟體最好採用更有效率的其他設計. 像台製的Macro及無數小品牌就採此設計.

   Counter Current是ETSS牌的專利, 此品牌採用把魚缸的水導入裝滿生化球的壓克力混合塔, 讓水和空氣混合後再由馬達加壓打出. 此品牌算是老牌子, 有他的支持者, 但是裝滿生化球的混氣塔需要清潔, 而且氣泡顆粒較粗. 但是用來只飼養魚的大型缸或者飼養魚隻不多的軟體缸綽綽有餘.

   Needle Wheel(針葉式): 這是目前最流行的高擋蛋白機的設計, 利用Venturi將空氣混入進水, 再由馬達的針葉將空氣攪散, 所得到的氣泡非常細且多, 而且馬達所需的瓦數不大, 而且因為馬達進水量不大, 所處裡的水可以滯流在蛋白機內的時間會延長, 增加蛋白質和空氣凝結的時間, 是功效非常好的蛋白機, 但是因為是針葉打水, 一顆馬達所能處裡水量有限, 處裡大型魚缸所需要的針葉式蛋白機需要2-3顆馬達以上. 能源的消耗會大幅提高. 但是針葉式蛋白機易清洗, 效能高, 很試用於中型硬骨珊瑚缸, 尤其是要求吹毛求疵的水質時更是一大利器, 相當多的知名品牌都是採此設計. (Royal Exclusiv, Deltec, H&S, Euro-Reef, ASM 以價格高低順位) 這些都是公認頂級蛋白機. 部份廠牌另有內循環式的更高檔機種, 由獨立的馬達進新水, 針業馬達則循環蛋白機中的水, 所處裡的水可以滯流在蛋白機內的時間進一步延長, 使水質更上一層樓.
Beckett氣閥:
   Beckett氣閥的蛋白機需要用很強大的水壓來推動, 推出來的氣泡是非常細的, 但是水流量很大, 用電也較大, 所以較適合大型的蛋白機. 一般會認為適合大型的珊瑚缸或魚缸. 此設計要注意選購正確的馬達, 並不是以水量來評斷適不適用, 一些價位低的沉水馬達打水量大但是水壓低, 無法有效的推動氣閥. 要購買壓力大的外接式馬達較佳. 有些人認為Beckett氣閥的蛋白機因為入水量大, 造成水滯流在蛋白機內的時間過短, 不過新一代的內循環式應該可以完全修正此問題, 另外儘量選購高度更高的設計可以大大的延長水滯流在蛋白機內的時間, 大幅提昇效率. 另外也要注意氣閥不被阻塞, 蛋白機管壁也要常清洗. 像美國的MRC (My reef creation), Barr Aquatic 都有效能很高的Beckett式蛋白機, 很適合2000公升以上的大型缸, 價格也會比可以處理同水量的針葉式低許多, 因為不需要數顆馬達.

   Spray Injector: 這是Aqua-C的專利設計, 有點類似Beckett式, 靠水壓推動氣閥, 但是不需要像Beckett那麼大的水壓, 也較不會阻塞, 除非有石頭或小螺隨進水口卡入氣閥. 但是打出的氣泡較粗, 管壁也要常清洗. Aqua-C也比較會因水質變化暫時(有時數小時)打不出泡泡, 尤其是剛餵食後還有翻動底砂時. 不過Aqua-C效能尚佳, 價位不算太高, 也有很多支持者, 他的外掛式Remora可用於小型缸銷路很好, 算是物美價廉. 如果價格是問題的話, Aqua-C是一個較低價的高檔選擇.