珊瑚在分类学上属於腔肠动物门，除了少数几种属於水媳虫纲外，绝大多数皆属珊瑚虫纲，珊瑚虫纲又区分为八放珊瑚亚纲及六放珊瑚亚网。若依照珊瑚骨骼质地的特性来区分则可分为石珊瑚类（stony corals）和软珊瑚类（soft cofals）。

石珊瑚种类繁多且形状各异，据估计全世界的石珊瑚约有七百多种，大部分属於六放珊瑚亚纲中的石珊瑚目、小部分属於六放珊瑚亚纲中的黑珊瑚目、八放珊瑚亚纲中的蓝珊瑚目。葡根目以及水媳虫纲中的千孔目与柱星目。

石珊瑚类的珊瑚，因为具有分泌碳酸钙形成坚硬群体骨骼的能力，是构成珊瑚礁体最主要的部分，所以又被称为造礁珊瑚（hermatypic coral）以有别於其他的非造礁珊瑚（ahermatyplc coral）。

软珊瑚在分类上属於八放珊瑚亚纲的海鸡头目（或称软珊瑚目），其分类依据群体形态、珊瑚虫的构造及骨针的特徵等三项重要的特徵。台湾主要的种类有冠形软珊瑚、指形软珊瑚。叶形软珊瑚、肉质软珊瑚、及穗珊瑚。

软珊瑚类具有优美的型态、鲜艳的色彩及亮丽的外观，是海底重要的景观和生态资源。除此之外，大部分的软珊瑚都含有丰富的化学物质，由软珊瑚群体分离出来的化学物质已经被证实能抑制癌细胞的增长，具有作为天然药物的潜力，其经济价值正由科学家评估中。